箱根神社のルーツを語るには、まず駒ヶ岳（標高1356m）山頂にある「箱根 元宮（もとつみや）」の話から始めなければいけません。
現在の「元宮」は、昭和３９年（1964年）、西武鉄道の創始者の堤康次郎氏が、箱根の神様に奉納した社殿です。箱根神社には、「拝殿」と「本殿」があります。通常、本殿には神様がいらっしゃるのが一般的ですが、元宮には「本殿」はなく「拝殿」だけしかありません。つまり元宮は神様を拝むための社殿（拝殿）なのです。

普通、本殿には御扉（みとびら）があります。元宮にもそれに似た御扉がありますが、扉を開けるとそこには真正面に箱根連山の最高峰「神山」（標高1438m）を拝する形式になっています。
箱根山で一番高い神山は、神様が降臨される神聖な山だったわけです。
今の箱根神社が建ったのは奈良時代中期といわれ、それ以前は、神山が拝礼の対象であったようで、この神山が箱根神社のルーツであるといわれています。そして元宮がある駒ヶ岳は神山を直近に拝する祭場として、今も神々の祭りが斎行されているのであります。

毎年10月24日、箱根元宮では神山を拝して「御神火祭」が行われます。このお祭りは駒ケ岳山頂で御神火をおこし、その火を神山の神様に捧げたのち、箱根神社をはじめ箱根全山の神社に御供するお祭りです。(10月24日：御神火祭、25日：御神火巡行祭）